Erillislaitokset ovat yliopiston yksiköitä, jotka tuottavat erilaisia palveluita koko yliopistolle ja myös yhteiskunnalle laajemmin. Erillislaitoksia ovat mm. Avoin yliopisto, Kielikeskus, Unisport, Helsingin yliopiston kirjasto ja Kansalliskirjasto sekä Helsingin yliopistomuseo ja Luonnontieteellinen keskusmuseo LUOMUS. Kaikilla erillislaitoksilla on oma johtokunta, joissa on myös opiskelijoiden edustus.