Hallitus valitsee rehtorin esityksestä yliopistolle vararehtorit, joista yhden tulee olla ruotsinkielisessä professorinvirassa. Vararehtorit vastaavat omista vastuualueistaan ja muun muassa puheenjohtavat alueidensa ylimpiä toimikuntia – opintoasiainneuvostoa, tieteellistä neuvostoa, yhteiskunnallisen vuorovaikutuksen neuvostoa ja kansainvälisten asiain neuvostoa -, joissa kaikissa on myös opiskelijaedustus. Samoin kuin rehtori, vararehtorit nimetään viiden vuoden kaudeksi kerrallaan.